自団連費は、毎年新入生から１万円を４年分として学部協議会が集めた後、体育会、文化団体連合、一橋祭運営委員会など自治団体連合に属する団体の活動資金として分配される。10年度までは９００人以上の納入者を保っていたが、東日本大震災の影響により合格書類の提出が手渡しから郵送になった事で、近年の納入率は低迷していた。しかし、本年度は８２７人が納入し、11年度以降最高の水準となった。
今年度の納入率上昇の要因として学部協議会は、新歓委員との連携、新入生向けの生協説明会における納入ブースの設置、自団連費についての資料の郵送などを挙げた。これらが新入生や保護者に自団連費納入の意識を持たせたのではないか、と分析している。
一方、学部協議会は自団連費を配分する全団体の会計を正確に把握できておらず、その使途は不透明である。今後、学部協議会は各団体の会計の公表と並行して、監査を実施し配分額の妥当性の確認を進める方針だ。学部協議会会計のラーピセートパン=スッティカンさん（経３）は、「万人が納得する配分は極めて困難だが、多くの意見を交えて改善を重ねていきたい」と話した。