新学期制導入に伴うトラブルは、第１回Ｗｅｂ抽選に関するマーカスの不具合から始まった。空席が残っている科目に落選してしまった学生が複数いたというものだ。教務課窓口が学生で混雑し始めた６日午前には、トラブルと今後の方針に関する公式の告知はなく、ツイッター上では「教務課窓口に行くと、抽選に有利になるような措置が受けられる」といった情報が拡散された。「教務課窓口では、抽選を優遇するような対応はしない」「第2回の抽選に申し込むこと」という主旨の報告がマナバ上でなされたのは第２回抽選締め切り１時間前の14時頃だった。それに伴い、7日の抽選科目は休講。履修登録期間は予定されていた7日開始からずれ込み、4月21日から24日となった。また、英語などのＷｅｂ抽選を申し込んだ科目が全て落選となったなど一部の学生に対しては11日、12日に抽選に関する救済措置が取られた。
次のトラブルは、履修登録期間に起こった。一部の学生において、履修登録ができないという問題が発生したのだ。24日には教務課から「МＥＲＣＡＳに登録されているメールアドレスが異なっている場合に生じるエラーが原因」との報告があった。
教務課が履修登録期間を全学生に発信したのは、登録が始まる前日の19時12分。履修登録ができないというエラーが解消されたという報告があったのは、登録最終日の24日だった。そのため、27日には1日限りの臨時履修登録期間が設けられた。
教務課は今回の現象について「システム開発業者が納入したシステムの不具合」と回答。ただ、詳しい原因については「現状の対応に全精力を投入するため、現時点での回答は控えさせていただきます」と、公表を避けた。
今回の件は学生だけではなく、教員にも情報は行き渡っていないようだ。Ｗｅｂ抽選のトラブルによって休講になった件に関しても、担当の教員にしか伝えられなかった。ある教員は「Ｗｅｂ抽選のトラブルが起こっているということはツイッターで知った」と話す。トラブル直後の４月12日の教授会でも「システムの不具合が発生した」という簡潔な報告のみだったという。